V BitFakture je dostupná platobná metóda akou je GoPay. Služby GoPay môžete využiť medzi inými pri predplatnom za Váš účet. S GoPay môžete tiež v BitFakture nakonfigurovať možnosť "Predaj on-line", tlačidlom "Kliknite a zaplaťte on-line". Online platby si nastavíte v Nastavenia > Nastavenia účtu > Bankové platby a Automatické platby. V prípade, že chcete využívať platobnú bránu, musíte uzavrieť priamo so spoločnosťou GoPay zmluvu. Od GoPay získate konfiguračné údaje, ktoré zadáte v Nastavenia > Online platby > GoPay.